乗り入れ路線

JR東日本

• JY 山手線：渋谷駅・品川駅方面（内回り）、池袋駅・上野駅方面（外回り）の電車線を走行する環状線 - 駅番号はJY 17。
• JA 埼京線：山手貨物線を走行、大宮駅方面の川越線と大崎駅方面のりんかい線の新木場駅まで相互直通運転、東海道貨物線経由で羽沢横浜国大駅から相鉄線との相互直通運転も実施 - 駅番号はJA 11。
• JS 湘南新宿ライン：山手貨物線を走行する中距離電車、大宮駅方面（北行）の宇都宮線・高崎線と横浜駅方面（南行）の東海道線・横須賀線を相互直通運転 - 駅番号はJS 20。
• JC 中央線快速：急行線を走行する中央本線の近距離電車、立川駅から青梅線の青梅駅および大月駅から富士山麓電気鉄道富士急行線の河口湖駅まで直通する列車も運行 - 駅番号はJC 05。
• JB 中央・総武線（各駅停車）：緩行線を走行する中央本線の近距離電車、御茶ノ水駅から総武本線緩行線に直通 - 駅番号はJB 10。

京王電鉄

小田急電鉄

東京地下鉄

• M 東京メトロ丸ノ内線 - 駅番号はM 08。

東京都交通局

• S 都営地下鉄新宿線 - 駅番号はS 01。
• E 都営地下鉄大江戸線 - 駅番号はE 27。

その他の鉄道路線

• 西武新宿駅（西武新宿線）- 新宿サブナード経由で連絡。東京メトロ丸ノ内線の新宿駅（および都営地下鉄大江戸線の新宿西口駅）と接続駅扱いで、乗り換え割引の適用もある。その他、都営地下鉄新宿線・大江戸線を除き、他線の新宿駅とも定期券における連絡運輸を取り扱っている（西武新宿線 - 都営地下鉄新宿駅方面相互間の連絡運輸は、新宿西口駅から都庁前駅経由のほか、中井駅接続でも取り扱っている）。
• 新宿西口駅（都営地下鉄大江戸線）- 丸ノ内線新宿駅や西武新宿駅と接続駅扱いで、乗り換え割引の適用もある。このほか都営地下鉄新宿線・大江戸線を除き、他線の新宿駅とも定期券による連絡運輸を取り扱っている。東京都交通局は他社線から大江戸線への乗り換えについて、目的地に応じて新宿西口駅と新宿駅とを使い分けるよう案内している。
• 新宿三丁目駅（東京メトロ丸ノ内線・副都心線、都営地下鉄新宿線）- 新宿通り真下・丸ノ内線直上の地下通路（メトロプロムナード）および甲州街道直下の地下通路で連絡。

地下鉄各線との連絡

乗継割引適用の有無（○：適用、×：不適用）

京王
○	小田急
○	○	東京メトロ
○	○	×	都営新宿駅
×	×	○	×	都営新宿西口駅

駅全景	ホーム

駅構造

JR東日本

のりば

• 各線とも北向きの列車が下り、南向きの列車が上り。一部の路線では内回りや南行などの言い回しをするものもある（山手線や中央緩行線、湘南新宿ライン）が、線路名称としては上り・下りで揃っている。
• 2008年（平成20年）3月15日のダイヤ改正で1番線発の埼京線下り列車の設定がなくなり、直後の線路切り替え工事において、1番線から池袋方面へ折り返すために必要な出発信号機やポイントも撤去された。しかし、2009年（平成21年）11月7日の工事により1・2番線がシーサスクロッシングに戻り、出発信号機も再設置されたため、再び1番線から大宮方面へ折り返せるようになった。そして、2010年（平成22年）3月13日のダイヤ改正により、1番線発の埼京線下り列車の設定が復活した。
• 埼京線大宮方面からの列車が当駅で折り返すのは主に3番線だが、一部1・2・4番線発着もある。2020年（令和2年）1月6日以降は、ホームの混雑緩和の目的で17時以降の当駅始発の列車は2番線発となる。相鉄線直通は、基本的に当駅折り返し列車は2番線、大宮方面からの直通は1番線を発着するが、一部列車は2番線から発車する。ただし、2020（令和2年）1月6日以降は前述の理由で、17時以降の列車が3番線発となる。時間帯によっては、大宮方面からの埼京線新宿発着列車と相鉄・JR直通線海老名発着列車が対面のホームで乗り換えできる場合もある。
• かつて、湘南新宿ライン南行の横須賀線方面は横須賀線のラインカラー（青）で表記されていた。以前は当駅発着の列車のみ横須賀線の車両（215系・E217系）の運用があったが、2004年（平成16年）10月16日のダイヤ改正でなくなり、2008年（平成20年）3月15日時点では、南行（1番線）と北行（4番線）どちらも橙色と青色を縦に並べた表記になっている。
• 湘南新宿ラインのダイヤ乱れ時は、2番線に加え、湘南新宿ラインの案内が現在はない3番線ホームを中心に折り返す。また5・6番線にも15両編成が入線可能で、埼京線を含む全列車折り返し運転などで1 - 4番線だけでは足りない場合、湘南新宿ラインは5番線も使用する場合がある。
• 相鉄・JR直通線（相鉄線直通列車）の列車は1・2番線から発車し、17時以降は全ての列車が3番線から発車する。当路線のダイヤ乱れ時、及び湘南新宿ラインのダイヤ乱れ等で当駅折返しを実施する場合は、5・6番線発着となる。発車標は基本的には埼京線南行と共用するが、一部のコンコースには相鉄線直通専用の発車標が掲出されている。
• 5・6番線には北側にエスカレーターが設置されている。また、7・8番線にも南口跨線橋の下にエスカレーターやエレベーターが設置されているため、5・6番線への連絡がスムーズになっている。
• 7・8番線（中央線快速上り）は、平日朝ラッシュ時（7 - 9時台）は東京行きが7番線と8番線で交互発着し、当駅での大量の乗降客による各列車の数分間の停車に対応している。平日朝ラッシュ時以外は、おおむね4、5時台と12 - 15時台が7番線、それ以外の時間帯が8番線発着となっている。なお、当ホームを発着する東京行きの列車に対しては、当駅以降は特急を除く全列車が四ツ谷・御茶ノ水・神田・終点東京の順に停車するため、新宿駅以西での列車種別（通勤特快、中央特快、青梅特快、快速）にかかわらず、到着する全列車を「快速 東京」と音声、電光表示ともに案内している。7番線は、東京・千葉行の「あずさ」「かいじ」、終着の「あずさ」および東京行きの橙色の列車が使用している。当駅止まりの「あずさ」「かいじ」で7番線に到着する列車は東京駅まで回送され、東京始発の「かいじ」「はちおうじ」「おうめ」として運転される。
• 9・10番線の特急ホームにある駅名標は、下り方面のみ矢印になっており、隣の駅には立川が表記されている。特急としての次の停車駅は立川駅。また「あずさ」「かいじ」などの中央東線特急の発着がほとんどであることから、ホーム上に屋内型の喫煙コーナーが設けられている。新幹線を除く首都圏の駅コンコース内に喫煙設備が設けられているのは当ホームと上野駅16・17番線の2箇所のみ。2019年（令和元年）10月25日より、地下改札から9・10番線へと連絡するエレベーターが供用されている。
• 7番線側と11番線（旧9番線）側の方面案内サインは以前背景が青色（中電色）で「中央本線（普通）　大月・甲府方面」と表記（後に無表記）だったが、湘南新宿ラインの登場に伴う更新で快速と同じ橙色のものに変更された。現在も7番線の方面案内は無表記だが、11番線の方面案内には12番線と同様の表記になっている。以前は、9・10番線の特急ホームと同様に下りの隣の駅が三鷹と表記されていた。三鷹は、特急および（現在は臨時のみ運転の）中距離列車（中電）の駅としては下り側の隣の駅。ちなみに上り側は快速と同様に四ツ谷と表記されていた。現在は上下とも快速と同様に下り側は中野、上りは四ツ谷と表記されている。ただし、現在でも階段付近の帯には、中距離カラーの青と快速カラーの橙を併用したものがある。
• 現在でも、当駅に発着する中距離列車（特急ホーム発着除く）は原則として上りは7番線、下りは7・11番線発着であり、8・12番線は使用しない。
• 11・12番線（中央線快速下り）ホームは、下り電車は基本的には12番線を使用している。平日朝8 - 9時台後半と夕方18 - 19時は11番線と交互発着している。ほかのホームに比べて幅が狭いため、ダイヤが乱れた際や金曜日など休日前の夜の帰宅ラッシュ時間帯は列車を待つ旅客でホーム上が混雑し、12番線に到着した列車からも大量の旅客が降車するため、大変危険な状況に陥ることがある。また、平日深夜の当駅始発の快速（23:33発・0:16発）は11番線から発車する。なお、2020年7月中旬より、地下改札から11・12番線へと連絡するエレベーターが供用されている。
• 13・14番線と15・16番線はそれぞれ方向別配線で、同一方向の列車の乗り換えが便利になっているが、接続がとられていない場合もある。2020年2月1日より、地下改札から13・14番線へと連絡するエレベーターが、15・16番線へのエレベーターは同年6月28日にそれぞれ供用されている。
• 13・16番線のATOS放送は、近年まで駅員放送中も途切れない仕様となっていたが通常の駅と同様に途切れる仕様となった。

京王　新宿（しんじゅく） 井の頭線 新宿 → 神泉 所在地 東京都新宿区西新宿一丁目1-4 駅番号 KO01 所属事業者 京王電鉄 所属路線  ■京王線 キロ程 0.0 km（新宿起点） 駅構造 地下駅 ホーム 3面3線 乗降人員 654,492人/日（2023年） 開業年月日 1945年（昭和20年）7月24日日 駅種別  管区長所在駅

地下ホーム

京王電鉄

のりば

• 日中は1番線から各駅停車京王八王子行または各駅停車高尾山口行（※一部は高幡不動止まり）、2番線から特急橋本行、3番線から特急京王八王子行と特急高尾山口行が発車する。府中方面に向かう特急は笹塚もしくは明大前で、京王新線からの区間急行橋本行または快速橋本行（※一部は京王多摩センター止まり）に乗換できる。
• 複線区間でありながら、地上信号機があった時代は2線同時に進路が開通している状態が頻繁に見られた。これは第2出発信号機が当駅から離れた両渡り線の手前にあり、そこまでは進行できるという意味である。しばしばダイヤ乱れ時などに行われるが、1・2番線からと3番線からとの同時発車が可能である。また反対に、1番線または2番線へ列車が完全に到着し切る前に3番線から特急や準特急を発車させることができるなど、配線変更によってメリットも生まれている。
• 京王ライナーは平日ダイヤが1番線、土休日ダイヤは2番線から発車する。かつて東京競馬場での中央競馬開催時に運転される府中競馬正門前始発の臨時準特急も、京王ライナーとして折り返すため、2番線に到着していた。現在はMt.TAKAO号に充たる列車が折り返し京王ライナーとなる。
• 2番線・3番線に入線した列車は降車ホーム側・乗車ホーム側の順で両方のドアが開く。

コンコース

京王新線・東京都交通局　新宿（しんじゅく） 京王新線 新宿  → 初台 都営地下鉄新宿線     →  新宿三丁目 所在地 東京都新宿区西新宿一丁目18 所属事業者 京王電鉄（京王） 東京都交通局（都営地下鉄） 駅構造 地下駅 ホーム 1面2線 乗降人員 247,955人/日（2022年） 開業年月日 1978年（昭和53年）10月31日 乗入路線 2路線 所属路線 ■京王新線 駅番号 KO01 キロ程 0.0 km（新宿起点） 所属路線  ●都営地下鉄新宿線 駅番号 S01 キロ程 0.0km（新宿起点） 駅種別  共同使用駅（京王電鉄の管轄駅）

新宿駅

京王新線・都営地下鉄新宿線

のりば

番線	路線	行先	備考
4	■京王新線	京王八王子・高尾山口・橋本方面	一部列車は5番線
5	●都営新宿線	本八幡方面

• 都営新宿線の新宿駅始発・終着列車は、4番線到着後引き上げ線で折り返し、5番線に入線する。すなわち、京王新線からの直通と新宿駅始発列車は同一のりばからの発車となる。なお、京王新線の新線新宿駅始発・終着列車は、5番線で折り返し、引き上げ線には入らない。
• 京王線内で優等運転し、都営新宿線内を各駅に停車する列車は、全て当駅を境に種別変更を行う。なお、2013年2月22日実施のダイヤ改定前は、笹塚方向から本八幡方面（実質笹塚から各駅停車の列車）と都営線内各駅停車・京王線内のみ急行に該当する調布方面行の列車が当駅で種別を変更していた。本八幡方向から笹塚方向に運転する京王線内区間急行・快速となる列車は始発の本八幡から京王線内の種別で案内されていた（都営線内では見かけ上は京王線内のみ急行の列車がそれらよりも下位種別であるかのように案内されていた）。
• 乗車位置表示は京王のタイプと都営のタイプを融合させたスタイルである。また誤乗防止のため、ホームドアの開閉部（扉部分）は4番線側が藍色、5番線側が黄緑色となっており、戸袋部にはそれぞれのラインカラーが引かれている。

コンコース

東京都交通局　新宿（しんじゅく） 大江戸線  代々木 → 新宿 → 都庁前 所在地 東京都渋谷区代々木二丁目1-1 駅番号 E　27 所属事業者 東京都交通局（都営地下鉄） 所属路線  ●大江戸線  キロ程  27.8km（都庁前起点）  駅構造 地下駅 ホーム 1面2線 乗降人員 108,458人/日（2021年） 開業年月日 1997年（平成9年）12月19日 駅種別  直営駅

地下ホーム

のりば

番線	路線	行先
6	■都営大江戸線	六本木・大門方面
7		都庁前・光が丘方面

コンコース

小田急　新宿（しんじゅく） 小田原線 新宿 → 南新宿 所在地 東京都新宿区西新宿一丁目1-3 駅番号 OH 01 所属事業者 東京都交通局（都営地下鉄） 所属路線  ■小田原線  キロ程  0.0 km（新宿起点） 駅構造 地上駅・地下駅 ホーム 4面3線（地上） 3面2線（地下） 乗降人員 439,840人/日（2023年） 開業年月日 1927年（昭和2年）4月1日 駅種別  管区長・駅長所在駅

小田急ロマンスカー

小田急電鉄

駅構造

のりば

コンコース

東京メトロ　新宿（しんじゅく） 丸ノ内線    西新宿 → 新宿 → 新宿三丁目 所在地 東京都新宿区西新宿一丁目 西口地下街1号　 駅番号 M08 所属事業者 東京地下鉄（東京メトロ） 所属路線  ●丸ノ内線 キロ程 16.6 km（池袋起点） 駅構造 地下駅 ホーム 1面2線 乗降人員 193,170人/日（2023年） 開業年月日 1959年（昭和34年）3月15日 乗換  E01 新宿西口駅（都営地下鉄大江戸線） SS01 西武新宿駅（西武鉄道新宿線）  備考  駅務管区所在駅

駅全景

東京メトロ

のりば

番線	路線	行先
1	●丸ノ内線	荻窪・方南町方面
2		池袋方面

備考

• 1番線の荻窪行き到着時、「中野富士見町・方南町方面は、中野坂上でお乗り換えです」という接近放送が流れる（当駅のみの実施）。西新宿駅開業以前までは「中野富士見町・方南町方面は、次の中野坂上でお乗り換えです」であったが、同駅開業後にいったん省略し、発車標更新時に現在の放送様式となった。
• 都営地下鉄大江戸線の新宿西口駅が開業したあとは「新宿西口駅接続都営大江戸線はお乗り換えです」という案内放送を行っていたが、2018年度の駅放送更新以降は単に「都営大江戸線」と放送している。
• 2006年（平成18年）10月に可動式ホーム柵を設置するとともに発車ブザーを線路側に移設した。2008年（平成20年）6月より発車メロディ（発車サイン音）を導入している。混雑時は発車メロディ導入前から使用している発車ブザーを鳴らし、その際に可動式ホーム柵も車両の扉とは別に閉めるようになっていたが、丸ノ内線がワンマン運転を開始したあとは発車ブザーの使用を停止している。平日朝ラッシュ時は特殊取扱を行っており、ブザーが鳴り終わると同時にドアを閉める。その際、車両側のドアと可動式ホーム柵は連動せず、最初に車両のドアが閉まると後から駅係員が可動式ホーム柵を閉める二段階方式を採用している。この方式は、池袋駅でも同様である。

発車メロディ

コンコース

歴史

• 1885年（明治18年）3月1日：東京府南豊島郡角筈村に日本鉄道の駅が開業（現在のルミネエスト新宿付近で開業）。貨物営業も開始。
• 1889年（明治22年）4月11日：甲武鉄道の駅が開業。
• 1904年（明治37年）1月：駅改良工事に着手。
• 1906年（明治39年）
  • 3月1日：駅改良工事が竣工。同時に甲州街道に面した場所（現在の東南口付近）に駅本屋を移転。甲武鉄道の電車ホームが甲州口ホームと青梅口ホームの2箇所設けられる（ホーム間は約350 m）。
  • 10月1日：甲武鉄道が鉄道国有法により国有化。
  • 11月1日：日本鉄道が鉄道国有法により国有化。
• 1909年（明治42年）10月12日：線路名称制定により山手線の所属となる。
• 1915年（大正4年）5月1日：京王電気軌道（京王電鉄の前身）の駅が甲州街道上に開業（当時は停車場前）。
• 1916年（大正5年）11月28日：駅構内にある新宿電車庫で火災が発生する。
• 1919年（大正8年）10月7日：駅改良工事に着手（後の関東大震災により大破）。
• 1923年（大正12年）
  • 9月1日：関東大震災により駅舎が大破する。
  • 12月2日：帝国電灯西武軌道線（のちの都電杉並線）の駅が東口に開業。
• 1924年（大正13年）
  • 7月13日：中央線（旧甲武鉄道）甲州口ホームと青梅口ホームが1箇所に集約される。
  • 9月11日：青梅口（南口）を開設。
• 1925年（大正14年）4月26日：新駅舎が完成。旅客専用地下道及び小荷物専用地下道の供用開始。
• 1926年（大正15年）
  • 5月1日：甲州街道口にあった旧駅舎が廃止される。
  • 6月1日：貨物中継ホームを新設
• 1927年（昭和2年）
  • 4月1日：小田原急行鉄道（小田急電鉄の前身）の駅が開業。
  • 10月28日：京王ビルを建設し、京王電気軌道（京王電鉄の前身）の駅が当ビルの1階に移転。
• 1932年（昭和7年）11月21日：貨物中継業務を廃止。
• 1937年（昭和12年）
  • 4月1日：特別一等駅の指定を受ける。
  • 5月1日：京王電気軌道（京王電鉄の前身）の駅が四谷新宿駅から京王新宿駅に改称。
  • 6月1日：京王電気軌道との連絡運輸を開始。
• 1942年（昭和17年）5月1日：戦時中の合併により小田急電鉄の駅が東京急行電鉄小田原線の駅となる。
• 1944年（昭和19年）5月31日：戦時中の合併により京王電気軌道の駅が東京急行電鉄の駅となる。
• 1945年（昭和20年）
  • 5月25日：空襲で被災。
  • 7月24日：京王電鉄（当時は大東急）の四谷新宿駅が国鉄青梅口（現在の西口）に移転。
• 1947年（昭和22年）
  • 1月23日：甲州口に小田急線と京王電気軌道線との連絡口を開設。
  • 4月7日：中央地下道に小田急線との連絡口を開設。
• 1948年（昭和23年）6月1日：東京急行電鉄の分割により東京急行電鉄の駅が京王帝都電鉄（現・京王電鉄）および小田急電鉄の駅になる。
• 1952年（昭和27年）3月25日：西武新宿駅開業。
• 1955年（昭和30年）10月：ラッシュ時に混雑する国鉄ホームに旅客整理係学生班が投入。乗客を車内に押し込む様子から「押し屋」と呼ばれるようになった。
• 1958年（昭和33年）5月1日：中央地下道口を開設（中央地下道から東口への出入口）。
• 1959年（昭和34年）3月15日：営団地下鉄丸ノ内線の駅が開業。
• 1961年（昭和36年）
  • 2月8日：営団地下鉄荻窪線（現在の丸ノ内線新宿駅 - 荻窪駅間）が開業。
  • 12月7日：国鉄甲州口（のちの南口）駅舎が火災で全焼。
• 1962年（昭和37年）11月3日：小田急百貨店（現在のハルク）がオープン。
• 1963年（昭和38年）
  • 4月1日：京王帝都電鉄の新宿駅が地下駅となる。道路との併用軌道から切り替え。
  • 7月1日：貨物低床ホームの使用開始。
  • 12月1日：都電杉並線廃止。
  • 12月20日：国鉄甲州口（南口）駅舎再建。
• 1964年（昭和39年）
  • 2月17日：小田急電鉄新宿駅第1次大改良工事完成。立体式ターミナルになり地下ホームの使用を開始する。
  • 5月18日：地上8階・地下3階の国鉄東口駅舎及び地下街が完成、オープンは5月20日。。
  • 11月10日：京王百貨店新宿店がオープン。
• 1965年（昭和40年）9月25日：みどりの窓口が開設。
• 1966年（昭和41年）11月30日：西口駅前立体広場が完成。
• 1967年（昭和42年）
  • 8月8日：米軍燃料輸送列車事故が発生、国電1,100本が運休。
  • 11月21日：地上14階・地下3階建の小田急新宿駅ビルが完成。
• 1968年（昭和43年）
  • 6月1日：小田急電鉄新宿駅ホームにクーラーを設置し、供用開始。
  • 10月21日：新宿騒乱事件が発生。全学連の学生運動が活発化。
• 1969年（昭和44年）
  • 6月28日：新宿西口反戦フォークゲリラ事件が発生。フォークソングの歌手達が反戦歌などでベトナム戦争反対を訴え、最大で4万人が集結するが、警察が集会を禁止した。
  • 10月21日：新宿駅線路内に過激派が乱入する10.21国際反戦デー闘争 (1969年)が発生。
• 1970年（昭和45年）3月26日：都電が廃止され、新宿から路面電車が消滅。
• 1973年（昭和48年）4月24日：首都圏国電暴動発生。新宿駅構内でも破壊・放火などの被害。
• 1974年（昭和49年）月：国鉄の改札内に「アルプスの広場」を開設。
• 1976年（昭和51年）3月10日：国鉄南口駅舎改築。新宿ルミネオープン。
• 1978年（昭和53年）
  • 10月31日：京王新線開業。
  • 11月17日：国鉄東口駅舎改装。駅ビル名が新宿マイシティ（のちのルミネエスト新宿）に改称。
• 1980年（昭和55年）
  • 3月16日：都営地下鉄新宿線の駅が開業し、京王帝都電鉄と相互乗り入れ開始。
  • 8月19日：新宿西口バス放火事件発生。
• 1981年（昭和56年）7月13日：小田急電鉄の地下駅ホームの使用を再び開始し、地下駅も10両運転対応となる。
• 1982年（昭和57年）
  • 4月1日：小田急電鉄新宿駅第2次大改良工事完成。地上駅・地下駅とも10両編成運転に対応した（10両運転そのものは地上駅のホームを利用して1977年7月に開始していた）ほか、乗り換えが改善された。
  • 9月1日：国鉄南口コンコースの拡幅される。
  • 10月19日：京王帝都電鉄の新宿駅ホームを10両編成化する工事が完成。
  • 11月15日：国鉄駅のヤード機能を廃止。
• 1984年（昭和59年）
  • 2月1日：国鉄駅での貨物の取り扱いが廃止。
  • 10月4日：南口に駅ビル「新宿ミロード」がオープン。
• 1986年（昭和61年）3月3日：国鉄埼京線運行区間が延伸。第1ホーム（現1・2番線）を使用開始し既存ホームの番線がずれる。
• 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化に伴い、国鉄の駅は東日本旅客鉄道（JR東日本）の駅（山手線所属）となる。
• 1988年（昭和63年）10月20日：ルミネ2口（のちの東南改札）がオープン。
• 1990年（平成2年）
  • 6月5日：丸ノ内線ホームの西新宿方にある引上線にて、回送列車が車止めに衝突する事故が発生する。詳細は営団地下鉄丸ノ内線新宿駅引上線衝突事故を参照。
  • 6月30日：南口に自動改札機を設置し、供用開始。
• 1991年（平成3年）
  • 3月9日：JRの東口、中央口に自動改札機を設置し、供用開始。
  • 3月16日：JRの新南口がオープン。同時に自動改札機の供用開始。
  • 3月19日：「成田エクスプレス」運転開始により第2ホーム（現3・4番線）を使用開始し、既存ホームの番線がずれる。西口、小田急口に自動改札機を設置し、供用開始。
• 1993年（平成5年）12月1日：ダイヤ改正で、中央本線の中距離列車の当駅乗り入れを廃止。
• 1995年（平成7年）
  • 4月1日：JRの東南口に自動改札機を設置し、供用開始。
  • 5月5日：当駅で青酸ガス事件が発生（新宿駅青酸ガス事件、オウム真理教（→アーレフ）の元信者の犯行）。
• 1996年（平成8年）3月9日：JRと小田急の連絡改札口に自動改札機を設置し、供用開始。
• 1997年（平成9年）12月19日：都営地下鉄大江戸線の駅が開業。
• 2000年（平成12年）：JR東日本の駅が関東の駅百選に選定される。小田急・京王・都営・営団（当時）は選定対象になっていない。
• 2001年（平成13年）
  • 3月27日：京王線のダイヤ改定により準特急が新設され、その始発・終着駅となる。
  • 11月18日：ICカード「Suica」の利用が可能となる。
  • 12月1日：湘南新宿ラインが停車を開始。
• 2003年（平成15年）2月1日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、中央線特急の発着ホームを現在使用の仮設ホームに移転。既存の第3ホームの工事開始。
• 2004年（平成16年）
  • 4月1日：帝都高速度交通営団（営団地下鉄）民営化に伴い、丸ノ内線の駅は東京地下鉄（東京メトロ）に継承される。
  • 9月25日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、中央線快速上りの発着ホームを工事中だった第3ホームに移転。それまで使っていた第4ホームの工事開始。
• 2006年（平成18年）
  • 3月18日：東武日光線直通特急「（スペーシア）日光・きぬがわ」が運行開始。
  • 4月16日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、サザンテラス口がオープン。中央線快速下りの発着ホームを工事中だった第4ホームに移転。それまで使っていた第5ホームの工事開始。
• 2007年（平成19年）
  • 3月18日：JR新宿駅で、中央線快速・特急ホーム増床に伴い、山手線・中央・総武線各駅停車の番線番号を2ずつ繰り上げ（11 - 14番線→13 - 16番線）。
    小田急電鉄・京王電鉄・東京メトロ・都営地下鉄でICカード「PASMO」の利用が可能となる。
  • 4月15日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、中央線快速下りの発着ホームを工事中だった第5ホーム（11・12番線）に移転。それまで使っていた第4ホーム（9・10番線）の工事開始。
  • 11月25日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、中央線特急の発着ホームを仮設ホームから工事中の第4ホームに移転。
• 2008年（平成20年）3月15日：ダイヤ改正で、「成田エクスプレス」や東武線直通特急などの発着ホームを第2ホームから仮設ホームに移転。
• 2010年（平成22年）11月28日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、新南口を移設。
• 2018年（平成30年）11月28日：この日より約3か月間、駅ナカシェアオフィス「STATION WORK」のブース型「STATION BOOTH」の実証実験を、甲州街道改札内にて実施。
• 2019年（令和元年）
  • 8月1日：「STATION BOOTH」を本格開始。
  • 9月2日：相模鉄道の車両が初乗り入れ（JRとの相互直通運転前の試験および報道公開）。
  • 11月30日：相鉄線への直通運転の開始。基本的には当駅発着となるが、一部電車は埼京線武蔵浦和・大宮方面に乗り入れ。
• 2020年（令和2年）
  • 2月25日：新南口改札外のびゅうプラザの営業を終了。
  • 7月19日：東西自由通路が供用開始。
• 2022年（令和4年）
  • 1月16日：びゅうプラザの営業を終了。
  • 3月1日：駅たびコンシェルジュ（東口・新南）が開業。
  • 10月2日：小田急百貨店新宿店本館の営業を終了。