JR西日本321系電車	改札口

• 改札口は東口と西口の2か所で、いずれも橋上駅舎である。新幹線コンコースは西口側にあるが、外部とは直接繋がっていないため、新幹線を利用する際には西口・東口いずれの改札からも在来線の改札口を通る必要がある。特に、エクスプレス予約サービスで新幹線の切符を予約し、EX-ICカードで乗車しようとする場合、そのままでは新幹線の改札も在来線の改札も通過できない。交通系ICカードを所有していれば在来線の自動改札機をICカードで通過し、新幹線の自動改札機を通る際に、EX-ICカードと交通系ICカードを重ねて読み取らせるといういわゆる在来線との乗継と同様の方法で通過できる。
• しかし、交通系ICカードを所有していない場合、在来線の有人改札で専用の入場証を発券してもらい、新幹線の自動改札機に入場証を投入した上でEX-ICカードを読み取らせる必要がある。なお、新幹線ホームと在来線ホームが大きく離れており、両者を結ぶ跨線橋（在来線の姫路寄り）は公道を渡る形である。この跨線橋は西口しか繋がっていないため、東口から新幹線に乗る利用客は一度地平の在来線ホームに下りることになる。
• また、駅南側から直接出入りできるのは東口改札のみである。2005年に西口コンコースのリニューアル工事が実施された結果、コンコースの面積は減少した。
• 当駅は駅長が配置された直営駅であり、管理駅として明石市内の山陽本線の駅である朝霧駅・明石駅・大久保駅・魚住駅の4駅を管轄している。
• 当駅の在来線ホームで使用されている接近メロディは、1997年3月8日からJR神戸線内各駅で導入されている「さざなみ」に加え、2番のりばのみ列車接近表示器から、メリーさんの羊が流れる。

ホーム

新幹線は相対式ホーム2面2線で間に通過線が2本設けられた高架駅になっている。在来線は橋上駅舎を持つ島式ホーム3面6線の地上駅となっている。また、当駅より東側は複々線となっており、新快速は兵庫駅の手前までの山側（列車線）を走行する。

在来線のりば

番線	路線	方向	線路	行先
1	Ａ JR神戸線	上り	列車線	明石・三ノ宮・尼崎・大阪方面
2		下り	列車線	加古川・姫路方面
3		上り	電車線	明石・三ノ宮・尼崎・大阪方面
4			電車線
5			電車線
		下り		加古川・姫路方面
6			電車線

• 4番のりばは姫路方面への発車にも対応している。以前は平日ダイヤの朝ラッシュ時に4番のりばから姫路方面の旅客列車が発車していたことがあった。現在は回送列車が数本あるのみである。
• 1・2番のりばには客扱終了合図機が設置されており、ホームに立っている係員が所持するマイクのスイッチで操作する。
• 過去には姫路方面の快速電車で当駅で車両の連結・切り離しを行う列車が存在した。また2002年1月時点では伯備線備中高梁発当駅止まりの列車が存在し、始発の大阪・京都方面野洲行きに乗り継いでいた。
• 1986年10月31日までは姫路駅発着の新快速は当駅を通過しており、上り新快速は3番線を、下り新快速は6番線を通過していた。このため、上り快速は4番線で、下り快速は5番線で通過待ちを行っていた。
• 列車線の線路には、東側に待避線があり、貨物列車が新快速や特急の待ち合わせを行う。

新幹線のりば

番線	路線	方向	行先
11	■山陽新幹線	下り	姫路・広島・博多方面
12		上り	新神戸・新大阪・東京方面

• 日によっては、当駅始発東京行きの一番列車「のぞみ80号」が岡山方面行きホームの11番のりばから発車することがある。
• 新幹線駅が設けられた理由は、新神戸駅が地形上の理由により待避線を設置できなかったためであり]、また建設当初、夜間に新幹線の運行を行う計画があり、その際は当駅 - 姫路駅 - 相生駅で単線運転を行い、姫路駅で列車をすれ違わせる必要があったためである（ただし、この計画は実施されていない）。当駅に停車する「こだま」・「ひかり」の一部列車は、この駅で通過列車を待ち合わせることがある。
• 当駅 - 姫路駅間で、新幹線の車両基地を20線程度整備する計画がある。

歴史

• 1930年（昭和5年）3月25日：鉄道省の「明石操車場」として開設。
• 1944年（昭和19年）
  • 4月1日：駅に格上げされる形で「西明石駅」となる。当時は川崎航空機社員専用として駅舎があった。旅客営業のみ。
  • 8月26日：貨物の取り扱いを開始。
• 1946年（昭和21年）4月1日：一般旅客用の駅として開業。
• 1961年（昭和36年）6月15日：橋上駅舎の使用を開始。西側に移転。
• 1965年（昭和40年）3月28日：鷹取駅 - 当駅間が複々線化。
• 1970年（昭和45年）10月1日：京都駅 - 当駅間で新快速の運行を開始する（当初は6往復）。
• 1972年（昭和47年）3月15日：山陽新幹線の新大阪駅 - 岡山駅間の開通により、新幹線の駅が開業。
• 1984年（昭和59年）
  • 2月1日：貨物の取り扱いを廃止。業務は神戸港駅へ移管。有蓋車用貨物ホームが設置され、貨物の積み下ろしを行っていた。跡地は和坂2丁目交差点付近。
  • 10月19日：西明石駅列車脱線事故が発生。
• 1986年（昭和61年）11月1日：すべての新快速が停車するようになる（以前は当駅折り返しを除き通過していた）。
• 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化に伴い、西日本旅客鉄道（JR西日本）の駅となる。
• 1988年（昭和63年）3月13日：路線愛称の制定により、山陽本線で「JR神戸線」の愛称を使用開始。
• 1995年（平成7年）
  • 1月17日：阪神・淡路大震災により営業休止。
  • 1月18日：在来線の当駅 - 姫路駅間が営業再開。
  • 1月23日：在来線の須磨駅 - 当駅間が営業再開。
  • 4月8日：山陽新幹線の新大阪駅 - 姫路駅間の復旧により、新幹線が営業再開。
• 1997年（平成9年）
  • 3月8日：在来線にJR神戸線標準接近メロディ「さざなみ」導入。
  • 11月22日：在来線に自動改札機を設置し、供用開始。
• 2000年（平成12年）3月11日：「こだま」の削減に伴う本数補充のため、当駅停車の「ひかり」を1時間間隔に増発。
• 2001年（平成13年）3月3日：西口コンコースおよび新幹線ホームにエレベーターを設置。
• 2002年（平成14年）7月29日：JR京都・神戸線運行管理システム導入。
• 2003年（平成15年）
  • 8月16日：西口跨線橋と在来線ホームを結ぶエレベーターを各ホームに設置。
  • 11月1日：ICカード「ICOCA」の利用が可能となる。
• 2004年（平成16年）7月19日：西口コンコース改良工事によりスロープ設置、トイレをリニューアル。
• 2005年（平成17年）3月1日：山陽新幹線に自動改札機導入。
• 2006年（平成18年）3月26日：東口北出口、南出口にそれぞれエレベーターを設置。また南出口エレベーター横にトイレを新設。
• 2007年（平成19年）3月18日：駅自動放送を更新。
• 2008年（平成20年）3月15日：早朝に当駅を始発とする「のぞみ」60号（現在の「のぞみ」80号）東京行きが設定される。在来線各ホームに待合室を設置。
• 2010年（平成22年）1月1日：無料駐輪場全面廃止、すべて有料になる。
• 2012年（平成24年）3月17日：下りに「のぞみ」133号（現在の「のぞみ」113号）岡山行きが設定される（新規停車）。
• 2015年（平成27年）3月12日：入線警告音の見直しに伴い、接近メロディをJR神戸線標準接近メロディ「さざなみ」の音質見直し版に再び変更する。
• 2018年（平成30年）3月17日：在来線に駅ナンバーが導入される。
• 2019年（平成31年）3月16日：新設された特急「らくラクはりま」および「はまかぜ5号」と「スーパーはくと13号」が停車するようになり、在来線では初めて定期運転の特急停車駅となる。
• 2021年（令和3年）3月13日：ダイヤ改正に伴い、1時38分着の日本一遅い終電が廃止。これにより予讃線高松駅にこの座を譲った。
• 2022年（令和4年）3月12日：JR四国がダイヤ改正でマリンライナーの最終便を繰り上げたことに伴い、高崎線高崎駅とともに1時14分着のJRグループで日本一遅い終電に戻る。
• 2023年（令和5年）3月18日：ダイヤ改正により、下りに定期列車では初となる、九州新幹線直通列車としてさくら547号が設定される。