改札口	島式ホーム

番線	路線	方向	行先
１・２	■中央本線	下り	八王子・高尾方面
３・４		上り	立川・新宿・東京方面

• 下り本線は2番線、上り本線は4番線である。
• 高尾方に豊田車両センターがあり、東京方面の通勤電車を中心に当駅が始発・終点となる列車が設定されている。下りの当駅始発の列車は2024年（令和6年）現在では平日朝のみ高尾行1本があるほか、午前中の大月行1本、および夕方の松本行1本、甲府行1本の計3 - 4本だけで、それ以外は始発駅の八王子駅・高尾駅または立川駅まで回送される。当駅で折返す通勤電車は3番線発着だが、当駅止まりの下り列車で基地へ回送される場合は1・2番線に到着する。また八王子・高尾止まり列車が基地へ回送される場合は3番線で折り返すが、出庫の兼ね合いの関係で、日野駅と当駅の間にある中線まで回送し、そこで折り返した上で1番線に入線し、基地へ入庫するパターンがある。
• 一部の列車は当駅で乗務員が交代する。夜間滞泊の運用がある。
• JR中央線は、2020年代前半（2021年度以降の向こう5年以内）を目途に東京駅 - 大月駅間のオレンジ帯で運行する列車に2階建てグリーン車を2両連結させ12両編成運転を行う。そのため当駅構内の改築工事（ホーム12両編成対応化・線路配置変更等）が実施され、2024年10月12日までにこれらの工事を全て完了し、翌日10月13日より快速電車における12両編成の運転が開始された。

運転番線	営業番線	ホーム	東京方面着発	高尾・大月方面着発	入出区着発	備考
1	1	12両分	到着可	出発可	入出区可	下り副本線
2	2	12両分	到着可	出発可	入出区可	下り主本線
3	3	12両分	到着・出発可	到着可	入出区可	上り副本線
4	4	12両分	出発可	到着可	入出区可	上り主本線

発車メロディ

• 1・2 JC たき火A
• 3・4 たき火B

歴史

• 1901年（明治34年）2月22日：甲武鉄道の駅として開設。旅客・貨物取扱開始。当時は、現在の南口に改札口のあるだけの小さな駅だった。
• 1906年（明治39年）10月1日：甲武鉄道国有化により官設鉄道の駅となる。
• 1909年（明治42年）10月12日：線路名称制定により中央東線（1911年から中央本線）の所属となる。
• 1949年（昭和24年）6月1日：日本国有鉄道発足。
• 1958年（昭和33年）12月10日：貨物取扱廃止。
• 1964年（昭和39年）10月1日：荷物扱い廃止。
• 1966年（昭和41年）11月10日：駅構内に豊田電車区を開設。
• 1971年（昭和46年）6月29日 - 多摩動物公園を視察する天皇、皇后のお召し列車が発着。
• 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化に伴い、東日本旅客鉄道（JR東日本）の駅となる。
• 1993年（平成5年）5月21日：自動改札機設置。
• 2001年（平成13年）11月18日：ICカード「Suica」の利用が可能となる。
• 2007年（平成19年）11月25日：駅構内の豊田電車区を豊田車両センターに改称。
• 2010年（平成22年）1月23日：発車メロディを童謡「たきび」に変更。
• 2014年（平成26年）3月15日：むさしの号の停車駅となる。
• 2021年（令和3年）
  • 2月28日：みどりの窓口の営業終了。
  • 3月1日：話せる指定席券売機を導入。