• 1・2番線：伊豆箱根鉄道
• 3 - 6番線：JR東日本
• 7 - 11番ホーム：小田急・箱根登山鉄道
• （12番ホームは欠番）
• 13・14番線：JR東海

• 高架駅の新幹線以外は地上駅である。JR東日本・小田急・箱根登山鉄道は地上3階、JR東海は地上1階、伊豆箱根鉄道は地上2階にそれぞれ改札口・駅事務室がある。小田急と箱根登山鉄道は同一改札内である。
• 2003年3月に橋上駅舎が完成し、同年12月に「アークロード」の愛称を持つ東西連絡通路が完成した。これにより連絡通路が完成し、東口・西口間の通行が可能になった。東西自由通路は16メートルの広い幅の通路でエスカレーター・エレベーターが設置されている。自由通路内には小田原市の観光案内所がある。なお、その時にJR東日本の改札口付近に巨大な小田原提灯が市民団体により設置された。この提灯は令和元年東日本台風（台風19号）で破損したため、市側により一時撤去されたが[8]、修復され2020年8月29日に再設置された。
• 2005年6月には旧東口JR駅舎の跡地に地上5階地下1階の駅ビルが完成し、地上1 - 5階は「小田原ラスカ」としてオープンした。駅ビルの完成に合わせて、東西バスターミナルのレイアウトが変わり、東口にはペデストリアンデッキが設置された。エスカレータ・エレベーター・多目的トイレが構内に設置されている。

• 頭端式ホーム2面2線（うち1面は未使用）を使用している。ダイヤ上、列車は1番線と2番線を交互に発着している。駅番号はID01。
• 駅舎は独立した建物になっており、駅の2階に当たる。自動改札機設置駅。コンコース内に多目的トイレがある。売店は改札内にあり、駅3階には系列の旅行会社がある。東西自由通路との連絡通路がある。

• 直営駅（駅長配置）で国府津駅、小田原駅、真鶴駅、湯河原駅、熱海駅、伊東駅、熱海運輸区を合併した小田原・伊豆統括センターの所在駅であり、東海道線の二宮駅 - 熱海駅 と伊東線内の全駅を統括し、伊東線の運行管理及び旧熱海運輸区の乗務も担当している。地上にある島式ホーム2面4線を使用している。その外側に貨物線2線と留置線2線がホームに平行して通っている。留置線は熱海方にも設置されている。鶴見駅から続く東海道貨物線との複々線区間の終端であり、当駅以西は旅客列車・貨物列車とも同一線路を走行する。駅番号はJT 16。
• 当駅が始発・終着になる列車が多い。朝は当駅始発の特急「湘南」の通勤列車が運行され、夜間は特急「湘南」・快速「アクティー」の終点となっている。熱海発の上り普通列車が当駅始発の湘南新宿ライン特別快速との接続を取る場合や当駅で先行していた熱海方面の普通列車に後の列車が接続する場合がある。一部の普通列車は特急「踊り子」の待避を行う。
• かつては、当駅で下り普通列車の付属編成切り離しや、上り普通列車の車両連結が行われていた。東京方に、付属編成用の引き上げ線2線が存在するが、使用停止となっている。
• 当駅始発の列車に乗車する場合は、ドアの横にあるボタンで開ける必要がある（空調の関係などのため）。なお、発車1分位前になるとすべてのドアが開く。ただし、当駅折り返し列車において遅延が発生している場合など、停車時間が短い場合やその他、車掌などの判断でドアを閉めない場合もある。

• 小田急電鉄・箱根登山鉄道の共同使用駅で、小田急の管理駅である。駅番号はOH 47。なお両社で通しの駅番号を用いているが、案内表示でのデザインが当駅を境に異なっており（小田急は青色、箱根登山鉄道は赤茶色）、当駅では2種類のデザインが併存している。
• 2008年3月より、2面3線の島式ホームとなる7 - 10番ホームが組み合わさっており、ホームに平行して北側に留置線が1線ある。ホーム4線のうち中側2線（8・9番および11番ホーム）は行き止まりの頭端式で、特に箱根登山側の11番ホームにかかる線路は7・8番ホームに入り込んでおり、このため7番ホームの一部は切り欠きホームという特殊な構造となっている。これによりすべてのホームは地上でつながって乗換えが容易になっている。
• ホームの発車合図音は、7・11番ホームの箱根湯本行では『箱根八里』の発車メロディが流される（放送システム上、フルコーラスは流れない）。9・10番ホーム全列車と7番ホームの新宿方面は発車ベルが使用されていたが、2018年1月現在発車ベル等は省略されている。7番ホームから留置線への入替列車は合図音は省略される。
• 2006年3月18日以降、当駅 - 箱根湯本駅間の営業列車はすべて小田急電鉄所属車両で運転されている。したがって、強羅方面に行くには箱根湯本駅での乗換が必要となる。また、一部の特急ロマンスカーについては当駅で連結・切り離しが行われる。以前は新宿方面から箱根湯本に直通する料金不要の一般列車も多数運転されていたが、2008年3月15日ダイヤ改正より、小田原線から箱根登山線への直通列車は4両編成の各駅停車および特急ロマンスカーのみとなり、数度の変遷を経て2018年3月17日ダイヤ改正以降、各駅停車による直通列車は上り1本を残すのみとなった。
• かつては箱根登山線に乗り入れる特急ロマンスカーには、当駅から箱根湯本までの区間のみを乗車することはできなかったが、2005年10月1日より駅ホームで乗車時に「座席券」を購入することで、座席への着席が可能となった。ただし、対象列車が満席又は満席が想定される場合は「座席券」は発売されない。これは箱根湯本駅から当駅まで特急ロマンスカーを利用する場合も同じである。現在では「特急券」という扱いになり、小田原駅 - 箱根湯本駅間に特急料金が設定されているが、予約購入はできず座席も指定されない。
• 管区長・駅長所在駅であり、「小田原管区」として鶴巻温泉駅 - 当駅間の各駅を、「小田原管区小田原管内」として開成駅 - 当駅間の各駅を管理している。
• 箱根登山鉄道の表示看板やパンフレットでは各駅の標高が示されており、当駅はかつて26 mと表記されていたが、2013年の再調査で14 mに訂正されている。

• 小田原線と箱根登山線を直通する列車については、箱根湯本行きが7番ホーム、新宿方面行きが10番ホームを使用する。
• 7番ホームに到着する小田原線の当駅止まり列車は、原則として箱根湯本駅寄りの留置線で折り返し10番ホームに進入するが、そのまま折り返し足柄駅の留置線に回送される列車がある。
• 2022年3月12日のダイヤ改正以降、当駅に乗り入れる快速急行は早朝の下り1本のみとなっている。このほかの快速急行は新松田駅で種別を変更し、新松田駅 - 当駅間を急行として運転する列車（開成駅停車）のみの設定となっている。
• 旧11・12番ホームは1面2線の島式ホームで箱根登山線車両用の標準軌専用ホームであったが、2006年3月18日より使用停止（閉鎖）となり改良工事が行われた。これは12番ホームを撤去した上で11番ホームの線路を標準軌から狭軌に改軌するとともに線路を新宿方面へ延伸し、20メートル級車両4両の発着を可能（有効長91メートル）にするもので、延伸にあたっては11番ホームの延長上にあった7・8番ホームの駅長事務室が支障となるために撤去された。11番ホームは2008年3月15日のダイヤ改正から運用を開始し、4両編成の小田急車による当駅 - 箱根湯本駅間の往復運転電車の発着に使用されている。
• かつては箱根登山線に乗り入れる急行・準急も存在したが（いずれも最大6両で、大半が小田原線内の途中駅で分割・併合を行い新宿方では10両編成で運行していた）、快速急行は10両編成での運行であるため、登場当初から箱根登山線には乗り入れていない。
• 10番ホームに隣接して10両編成対応の側線が1本ある。

• 高架上にある相対式ホーム2面2線を使用している。ホームの間に2線の通過線がある。「こだま」号の大半は、当駅で通過列車を待避する。
• エレベーター・エスカレーターはすべてのホームに設置されている。トイレはコンコース内に多目的トイレがある。各ホーム中央部と東京寄りにKIOSKが、またコンコース2階にある待合室にも売店がある。改札の外（アスティ小田原）には飲食店・コンビニエンスストア・書店がある。JR東日本との連絡通路がある。
• 自由通路の完成前は、JR東海管理の在来線近距離きっぷの自動券売機が設置されていたため、金額式乗車券はJR東海地紋で「海」表記の一方「東日本会社線」表記がある様式だった。

歴史

• 1920年（大正9年）10月21日：熱海線国府津駅 - 当駅間開通と同時に開業。旅客・貨物の取扱を開始。
• 1923年（大正12年）9月1日：関東大震災により駅舎一部倒壊。
• 1925年（大正14年）3月25日：熱海線が熱海駅まで全線開通。
• 1927年（昭和2年）4月1日：小田原急行鉄道（現・小田急電鉄）新宿駅 - 当駅間が開通。
• 1934年（昭和9年）12月1日：国鉄駅を東海道本線所属に変更。
• 1935年（昭和10年）
  • 6月16日：大雄山鉄道線（現・伊豆箱根鉄道大雄山線）が当駅に乗り入れ。
  • 10月1日：箱根登山鉄道が当駅に乗り入れ。
• 1948年（昭和23年）10月：小田急ロマンスカー運行開始。
• 1950年（昭和25年）3月1日：湘南電車運行開始。
• 1956年（昭和31年）5月31日：箱根登山鉄道小田原市内線廃止。
• 1964年（昭和39年）10月1日：東海道新幹線の停車駅となる。
• 1970年（昭和45年）：新幹線のホームが16両対応に延伸される。
• 1973年（昭和48年）
  • 5月20日：新設の西湘貨物駅に貨物取扱業務を集約、当駅での取扱を廃止。
  • 11月1日：新幹線の上下線ホーム熱海寄りにエスカレーターが1基ずつ設置され、供用開始。
• 1976年（昭和51年）11月：東口広場整備と地下街が完成。
• 1979年（昭和54年）10月1日：大船駅 - 小田原駅間複々線化（東海道貨物線）完成。
• 1980年（昭和55年）10月1日：東海道新幹線「ひかり」が停車開始。
• 1986年（昭和61年）11月1日：国鉄駅での荷物取扱を廃止。
• 1987年（昭和62年）
  • 3月31日：国鉄駅での貨物取扱を再開。
  • 4月1日：国鉄分割民営化により、東海道本線はJR東日本、東海道新幹線はJR東海、貨物取扱業務はJR貨物が継承。
• 1995年（平成7年）11月13日：JR在来線の自動改札機を設置し、供用開始。
• 1998年（平成10年）3月14日：新幹線に自動改札機を設置し、供用開始。
• 2001年（平成13年）11月18日：JR東日本でICカード「Suica」の利用が可能となる。
• 2002年（平成14年）12月1日：湘南新宿ライン運行開始。
• 2003年（平成15年）
  • 3月30日：新駅舎へ切り替え・東西自由通路暫定開通。エレベーター・エスカレーター・多目的トイレが事業者ごとに設置される。
  • 12月20日：東西自由通路完全開通。開通に伴い、新幹線高架下も再整備され飲食店など出店。
• 2005年（平成17年）6月25日：東口に駅ビル（小田原ラスカ）オープン。
• 2006年（平成18年）3月18日：箱根登山鉄道の車両による小田原駅乗り入れが廃止。全列車が小田急の車両による箱根湯本行きに統一。
• 2008年（平成20年）3月15日：急行の箱根登山鉄道への乗り入れを廃止。準急の新松田以西運行廃止に伴い準急停車駅から外れる。新11番ホーム使用開始。
• 2013年（平成25年）8月19日：東海道線のうち、当駅始発列車において、乗車の際ドアの脇にあるボタンを押して扉を開閉する方式に変更（ただし、遅延等で停車時間が短い場合等、車掌等の判断で実施しない場合もある）。
• 2014年（平成26年）11月1日：JR東日本の発車メロディが「お猿のかごや」に変更される。
• 2018年（平成30年）3月17日：小田急小田原線からの下り各駅停車の箱根登山鉄道への乗り入れを廃止。