駅構造

JR東海・樽見鉄道

• 単式ホーム1面1線（1番線）と島式ホーム2面4線（2・4・5・7番線）、および4番線ホームの西側にある切欠きホーム1面1線（3番線）、5番線ホームの東側に作られた切欠きホーム1面1線（6番線）、合計3面7線のホームを有する地上駅である。
• 2・4番線が東海道線の本線、6番線が樽見線の本線となっている。
• このほかのホームがある4線は副本線で、7番線の北側にもホームのない副本線が1本、その北側に側線3線が引かれている。また構内東側には保線基地も置かれている。
• 6番線は樽見鉄道の気動車しか使わないため、架線が張られていない。
• 当駅のアナウンス（駅員）は、東海道線上りを「岐阜・名古屋方面」（上り 名古屋方面と放送される場合あり）、下りを「垂井・関ケ原方面」、美濃赤坂線を「荒尾・美濃赤坂方面」（美濃赤坂は省略の場合あり）と放送される。
• JR東海と樽見鉄道は共同の橋上駅舎を使用する。駅ビルは6階建（床面積約13,000m2）で商業施設「アスティ大垣」が入居しており、2階部分に改札口が設けられている。
• 東海道本線（美濃赤坂支線を除く）利用時にTOICAおよびTOICAと相互利用可能なICカードが利用できる。
• JR東海の駅は駅長・駅員配置駅（直営駅）である。管理駅として、垂井駅 - 醒ケ井駅間の各駅および美濃赤坂支線の2駅（荒尾駅・美濃赤坂駅）を管理している。
• JR全線きっぷうりば、自動券売機、自動精算機（改札内）、自動改札機が設置されている。
• エスカレーターは北口・南口ともに設置がある。
• エレベーターは北口、愛称:「水都ブリッジ」のみ設置（南口からは駅ビル「アスティ」のエレベーターを利用）。

養老鉄道

• 養老鉄道は独立した地上駅舎を持つが、ホームは中間改札を挟んでつながっている。頭端式ホーム1面2線を有する地上駅で、桑名方面から揖斐方面へはスイッチバックとなる。だが渡り線が片方向であるため、1番線は桑名方面からの出入りしか対応していない。
• ダイヤ上では当駅を跨いで直通運転する営業列車はなく、それぞれの方面へは乗り換えが必要である。また、出口付近には精算券の券売機がある。無人駅から乗車した場合はこの券売機で精算券を購入し、乗車駅で発行された乗車票と一緒に改札係員に渡して出場することになる。

JR東海・樽見鉄道のりば

番線	会社	路線	方向	行先	備考
1	JR東海	CA 東海道本線	下り	米原方面	下りは待避・始発列車 上りは当駅始発のみ 養老鉄道線への乗換通路上に連絡改札口あり
			上り	名古屋方面
2			下り	米原方面
3		■美濃赤坂線	下り	美濃赤坂方面
4		CA 東海道本線	上り	名古屋方面	特急「しらさぎ」「ひだ」は4番線
5
6	樽見鉄道	■樽見線	-	樽見方面
7					1日2本（土休日は1日3本）

養老鉄道のりば

番線	路線	方向	行先	備考
1	■養老線	上り	桑名行	JR線への乗換通路上に連絡改札口あり
2		下り	揖斐行

JR東海

• 美濃赤坂線の列車はすべて3番線（切欠きホーム）で折り返すが、名古屋方面からの直通列車があった頃は1番線や2番線からの発車設定もあった。

樽見鉄道

• 樽見鉄道線の列車は6番線（切欠きホーム）を使用するが、ごく一部は7番線を発着する。
• 当駅で南北自由通路の工事が行われた際に7番線のホーム切下げ（※ホームの高さを車両の出入口の高さに合わせる）と柵の設置、6番線手前に駅事務所（切符売り場として使用。営業時間は8時00分 - 16時00分）の設置が行われた。

JR線と樽見鉄道線の乗り換え

• 樽見鉄道の改札ではTOICAの処理はできない。当駅までTOICAで乗車した後、樽見鉄道に乗り換える場合は一度改札口を出て樽見鉄道の乗車券を自動券売機（Kiosk左隣の一台のみ、JR東海の券売機と共用）で購入するか、乗車駅からの運賃を現金で支払い証明書を受け取り次回のTOICA使用時に入場状態を解除してもらう必要がある。
• 樽見鉄道を無人駅から乗車し、当駅で降車する場合は車内で運賃を精算した上で運転士から出場証を受け取り、改札口で駅員に渡すか自動改札機に入れることになる。
• JRへの乗り換えの際は車掌に見せて切符を購入するか、最終的な下車駅で大垣駅からの運賃を精算する。美濃赤坂線のワンマン列車に乗り換えの際は下車駅でJRの運賃とともに出場証を運賃箱に入れる。

養老鉄道

• 有人駅であり、きっぷうりば（出札窓口）がある。きっぷうりばでは、往復乗車券・回数乗車券・定期乗車券（養老鉄道線内相互間及び大垣接続のJR東海との連絡定期）を発売している。

連絡改札口

• JR大垣駅の1番線、米原・美濃赤坂方の養老鉄道への乗換通路上には連絡改札口が設置されている。この連絡改札口は2段階で設置されており、JR東海側は自動改札機（無人改札）、養老鉄道側は有人改札口となっている。なお、この連絡改札口には自動券売機・自動精算機などが設置されていない。また、下記に該当する場合はこの連絡改札口を利用することができないため、アスティ大垣2階のJR東海改札口へ向かうことになる。

連絡改札口を利用することができない例

• JR東海から養老鉄道へ乗り継ぐ場合で、乗車券の乗り越し精算が必要な場合。
• 複数枚の乗車券で乗車の場合で、それが自動改札機に対応していない場合。
• 東海道線美濃赤坂方面や樽見鉄道樽見線など、無人駅から乗車して乗車券を所持していない場合。
• TOICAなどのIC乗車券を利用の場合でチャージが不足している場合、同じくIC乗車券を利用の場合で、大垣駅が含まれるTOICAエリア以外(米原駅以遠)から乗車している場合。
• 養老鉄道の乗車券を所持していない場合や、養老鉄道からJR東海または樽見鉄道へ乗り継ぐ場合で、JR線や樽見線の乗車券を所持していない場合。
• 青春18きっぷなど、自動改札機に対応していない乗車券を所持している場合。

歴史

JR東海

• 1884年（明治17年）5月25日：官設鉄道（のちの国鉄・JR）関ケ原駅 - 当駅間延伸に伴い、駅開業。一般駅。
• 1887年（明治20年）1月21日：官設鉄道が当駅から加納駅（現在の岐阜駅）まで延伸。
• 1891年（明治24年）10月28日：濃尾地震により本屋全壊
• 1895年（明治28年）4月1日：線路名称制定。東海道線（1909年に東海道本線に改称）の所属となる。
• 1940年（昭和15年）：国鉄駅舎改築。
• 1983年（昭和58年）4月1日：国鉄のホーム案内放送を自動化。
• 1984年（昭和59年）
  • 1月10日：車扱貨物を近畿日本鉄道線連絡のものに限定。なお、オーミケンシ・帝国繊維・東邦テナックスの大垣工場への専用線はこの頃まであった。
  • 12月7日：駅舎改築工事のため、仮駅舎を使用開始。
• 1985年（昭和60年）12月7日：橋上駅化。これに伴い、それまで北改札口と南改札口とを結んでいた跨線橋が、北口と駅本屋とを結ぶ自由通路となり、また駅前南側のロータリーも作り直された。それまでの北口改札の建物は『PIER BURGER』など数回店舗が入居するもやがて倉庫となる。なお、ほぼ同時期に養老線駅舎も改築。
• 1986年（昭和61年）
  • 3月19日：駅ビル「アピオ」開業。
  • 11月1日：荷物の取り扱いを廃止。
• 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化により、東海旅客鉄道の駅となる。
• 1992年（平成4年）5月30日：JR東海の改札口に自動改札機を設置。
• 2006年（平成18年）11月25日：ICカード「TOICA」の利用が可能となる。
• 2009年（平成21年）9月19日：バリアフリー設備を備えた新しい南北自由通路が開通（愛称「水都ブリッジ）。
• 2012年（平成24年）
  • 4月：旧発車ベルの使用停止。
  • 9月16日：北口広場が全面完成。
• 2016年（平成28年）3月26日：1日3往復のJR西日本車（221系・223系・225系）の大垣乗入れが廃止。姫路方面への直通列車がなくなり、すべての下り普通列車が米原駅にて乗り換えとなった。また、「しなの」の大阪直通終了（当駅は通過）に伴い、当駅を経て米原駅以遠の東海道本線に直通する旅客列車は「ひだ」と「サンライズ瀬戸」「サンライズ出雲」のみとなった。
• 2018年（平成30年）8月31日：駅ビル「アピオ」の営業を終了。
• 2019年（平成31年）4月25日：飲食店やコンビニ、ドラッグストアなどが入居する複合駅ビル「アスティ大垣」が開業。

樽見鉄道

• 1956年（昭和31年）3月20日：国鉄樽見線が当駅 - 谷汲口駅間で開業。
• 1984年（昭和59年）10月6日：国鉄樽見線が樽見鉄道に移管。
• 2006年（平成16年）3月28日：当駅 - 本巣駅間の貨物列車の運行を終了。
• 2024年（令和6年）2月1日：本巣市市制20周年を記念して、「本巣市制20周年記念入場券セット」を同年3月31日(予定)まで発売。同市内12駅の入場券がセットになっている。発売箇所は、当駅6番線窓口。同路線の本巣駅でも発売している。発売額は2,000円。発売数は500セット限定で、売切次第発売終了。

養老鉄道

• 1913年（大正2年）7月31日：養老鉄道（初代・後の近鉄養老線）養老駅 - 池野駅間の開通に伴い、駅開業。
• 1922年（大正11年）6月13日：養老鉄道（初代）が揖斐川電気（現在のイビデン）に合併。同社の駅となる。
• 1928年（昭和3年）4月6日：揖斐川電気の鉄道事業分社化により養老電気鉄道が設立。同社の駅となる。
• 1929年（昭和4年）10月1日：養老電気鉄道が伊勢電気鉄道に合併。同社の駅となる。
• 1936年（昭和11年）5月20日：伊勢電気鉄道が養老線を分社化し養老電鉄が設立。同社の駅となる。
• 1940年（昭和15年）8月1日：養老電鉄が参宮急行電鉄に合併。同社の駅となる。
• 1941年（昭和16年）3月15日：大阪電気軌道と参宮急行電鉄が合併し関西急行鉄道が設立。同社の養老線の駅となる。
• 1944年（昭和19年）6月1日：関西急行鉄道が南海鉄道（現在の南海電気鉄道、のちに分社化）と合併し近畿日本鉄道が設立。同社の養老線の駅となる。
• 2007年（平成19年）10月1日：近鉄が養老鉄道に路線を譲渡。同社の駅となる。