改札口	HC85系気動車「ひだ」
エレベーター	キハ85系気動車「ひだ」

駅構造

• 島式ホーム1面2線と単式ホーム1面1線を持ち、列車交換が可能な地上駅。ホームは東側から1番線、隣のホームが2・3番線となっている。1番線が上り本線、2番線が下り本線、3番線が副本線という扱いで、岐阜方面からはどのホームも下り・上り方面ともに出発到着が可能。猪谷方面へはどのホームからも出発できるが、2番線には到着出来ない。駅舎橋上化前は下りの特急からも段差なしで改札口（旧駅舎）を抜けられるように、2010年3月改正ダイヤから2016年10月1日までは、原則としてすべての特急が1番線に停車していた。ホームは多客期に増結した特急「ひだ」が停車可能なように、全て10両編成に対応している。なお、10両編成が入線できるのは岐阜方面から当駅までで、猪谷・富山方面へ向かう長い編成の「ひだ」は切り離しを行う。
• ホーム西側には留置線が広がる。往年の高山機関区所在時よりも規模は縮小されたが、高山運輸区も併設された拠点駅である。1番線と2番線間にはホームに面しない線路があり、列車の待機や留置で使用される。また1番線の南東側にも旧貨物ホームを改造した留置線があり、ここにも列車が留置されることがある。
• 駅長・駅員配置駅（直営駅）である。管理駅として、渚 - 杉原駅間の各駅を管理している。JR全線きっぷうりばが設置されている。売店（キヨスク）があり、駅弁も販売されている。
• 2016年（平成28年）に完成した現在の駅舎は、外壁に黒い格子（市街地の町家をイメージ）が設置されており、東西自由通路「匠通り」で東口（乗鞍口、乗鞍岳に由来）と西口（白山口、白山に由来）を結んでいる。駅舎の天井や壁は飛騨産のヒノキ製で、1階にはコインロッカーやカフェがあり、2階の待合室には東海キヨスクが運営する店舗「ベルマート」がある。
• 駅玄関には、音声案内の駅案内板が設置してある。自動券売機はあるが、自動改札機はない。列車別改札を実施している。駅舎橋上化によりエレベーターとエスカレーターが各ホームと各出口に設置されている。また、東西自由通路「匠通り」には高山祭で使用される屋台の実物大模型が展示されている。
• 旧駅舎は木造大壁造で、1934年（昭和9年）の開業時に建設されたものである。改札口は駅舎中央にあり、駅舎北側に団体専用の改札口があった。ホーム間は地下道でつながれていた。かつては扇形車庫、転車台、高架水槽といった蒸気機関車時代の機関区の設備や建物も残されていたが、1993年（平成5年）に解体された。跡地は現在、駐車場になっている。2016年（平成28年）10月2日に駅周辺の整備事業の一環として、東口（乗鞍口）や東西自由通路「匠通り」とともに西口（白山口）が開設された。

のりば

番線	路線	方向	行先
1-3	CG 高山本線	上り	美濃太田・名古屋方面
		下り	飛騨古川・猪谷方面

歴史

• 1934年（昭和9年）10月25日：高山本線の飛騨小坂駅 - 坂上駅間開通とともに、駅開業。旅客・貨物営業を開始。
• 1968年（昭和43年）
  • 9月：ホームを延長（上りホームを南へ60メートル延長し、260メートルとした。上、下300メートルとなり12両入る）。
  • 10月1日：みどりの窓口を開設。
• 1969年（昭和44年）10月：無煙化に伴い、構内の給炭設備を解体。
• 1972年（昭和47年）11月1日：旅行センターを開業。
• 1980年（昭和55年）5月27日：駅構内にて高山本線電化の起工式を開催。ただし電化工事はその後中止されている。
• 1986年（昭和61年）11月1日：貨物の取扱を廃止。
• 1987年（昭和62年）
  • 3月31日：貨物の取扱を再開。ただし実際の取扱いは上枝で行い、高山駅構内では貨物取扱実績はない。
  • 4月1日：国鉄分割民営化に伴い、東海旅客鉄道（JR東海）と日本貨物鉄道（JR貨物）の駅となる。
• 1993年（平成5年）
  • 3月：構内の扇形車庫および転車台を解体。
  • 12月17日：構内の高架水槽を解体。
• 2000年（平成12年）12月：電子連動装置使用開始。
• 2007年（平成19年）4月1日：JR貨物の駅が廃止され、貨物営業を終了。
• 2014年（平成26年）12月1日：駅舎建て替え工事のために従来の駅舎の使用を終了し、仮駅舎の使用を開始。
• 2016年（平成28年）
  • 3月11日：JR高山駅の東西出入口・自由通路の愛称が決定。
  • 10月2日：新駅舎と西口（白山口）の使用を開始。