N700系新幹線	改札口

駅構造

• 新幹線・在来線ともに同一事業者でありながらそれぞれ別個の駅舎が設置され、近接しているものの両線の乗換改札口は設置されていない。乗り換えの際は一旦改札を出る必要がある。
• 新幹線駅は直営駅で、みどりの窓口および自動券売機、自動改札機が設置されている。ホームは相対式ホーム2面2線を有する高架駅である。通過線はなく、可動式安全柵が設置されている。
• 在来線駅はJR九州サービスサポートによる業務委託駅であり、相対式ホーム2面2線を有する地上駅で橋上駅舎を備える。鹿児島方、博多方ともに渡り線があるほか、博多方には肥薩おれんじ鉄道線から乗り入れる車両のための折り返し用の留置線（引き上げ線）がある。また、肥薩線（朝の当駅止まり折り返し回送列車1本）、肥薩おれんじ鉄道線直通の一部の列車（昼1本、夜2本の普通列車出水行きと夜の当駅止まりのおれんじ食堂折り返し回送列車1本）は上り熊本方面ホームから鹿児島方の渡り線を使用してそのまま鹿児島方面に折り返す。
• 2012年12月1日よりICカード「SUGOCA」の供用を開始しており、ICカード専用簡易改札機を設置している。自動券売機も設置されている。在来線ホームの高さは電車用となっているが、肥薩線からの乗り入れ列車は気動車であるため、通常とは逆にホームよりも列車の乗降口（ステップ）の方が低くなる（肥薩おれんじ鉄道線からの乗り入れ列車も気動車であるが、電車用ホームに合わせているため乗降口にステップがない）。そのため、乗降客に注意を促す看板が構内に設けられている。

HSOR-100形「おれんじ食堂」	815系電車

のりば

のりば	路線	方向	行先	備考
1	JB鹿児島本線	下り	八代・人吉方面	一部列車は2番のりばから発車
2		上り	熊本方面
11	■九州新幹線	上り	熊本・博多・広島・新大阪方面
12		下り	鹿児島中央方面

九州新幹線全線開業後の設備改修

• 九州新幹線の部分開業当時、新幹線は当駅の南側で上下線が合流したうえ、すべての列車が12番のりば[注釈 2]に入線し、特急「リレーつばめ」は現在、保守線となっている12番のりばの向かい側の乗り場を使用して前述の対面接続を行っていた。この関係で当時は新水俣駅方に上下線を合流・分岐させるためのY字型分岐器が設置されていた。
• 2011年3月12日の九州新幹線全線開業により、起点駅だった当駅は九州新幹線の途中駅となるため、新たに上り本線として現在の11番のりば[注釈 3]の使用を開始し、すべての列車が発着していた当駅にも通過列車が設定されることとなった。
• 現在の11番のりばは全線開業前まで営業列車は使用しておらず、新水俣駅方では線路も繋がっていなかった。このため、新たに11番のりばへ続く分岐が前述のY字型分岐器に追加される形で設置された。しかし、新幹線と「リレーつばめ」の対面接続は全線開業の前日最終列車まで行われていたため改修工事などは行われず、Y字型分岐器の遺構が残ったまま全線開業を迎えた。これにより、全線開業直後は通過列車においても速度制限が行われ、全線開業前のY字型分岐器を通過する制限速度まで速度を落として当駅を通過していた。
• その後、不要となったこれらの分岐は2011年夏までにすべて撤去されたが、通過列車の速度制限はしばらく続いていた。2012年3月17日のダイヤ改正より速度制限が解除され、通過列車の高速通過を開始した。これにより、当駅を通過する列車の所要時間がおよそ2分短縮された。

新在連絡設備

• 12番のりばの博多方右手には、引き上げ線の構造物から分岐する形で鹿児島本線へのアプローチ線が建設されており、12番のりばの反対のホームに入線できる構造になっている。
• これはかつて当駅 - 博多駅間が開業していなかった頃、リレーつばめが前述のアプローチ線を介して入線し、当時の「つばめ」と対面方式で接続を取っていた。この当時、アプローチ線から入線できるホームは旧11番のりばとされていた。
• 構造物そのものは複線規格で建設されているが、上り線部分にはかつて新幹線下り本線から分岐する形で標準軌の線路が、下り線相当部分には鹿児島本線上り線に接続する狭軌の線路が敷設されていた経緯があり、アプローチ線としては単線である。このアプローチ線は旧11番のりばに入った先に引上線2線を持っていた。
• 九州新幹線工事誌によると、この設備は保線用に建設したものを、部分開業時に暫定的に営業用として使用していたもので、博多 - 新八代間が開業した後は予定通り保線専用となっている。従って、このアプローチ線も保線基地から先は新幹線特例法の対象となる。

歴史

• 2004年（平成16年）3月13日：九州新幹線の当駅 - 鹿児島中央駅間の開業に伴い、九州旅客鉄道（JR九州）の駅として開業、同線の起点駅となる。同時に鹿児島本線の駅も新設される。特急「九州横断特急」が運転開始。
• 2011年（平成23年）3月12日：九州新幹線の博多駅 - 当駅間が延伸開業（全通）、途中駅となる。
• 2012年（平成24年）12月1日：交通系ICカード「SUGOCA」の、当駅における供用を開始する（在来線のみ）。
• 2016年（平成28年）3月26日：特急「九州横断特急」「くまがわ」廃止。
• 2017年（平成29年）3月4日：特急（D&S列車）「かわせみ やませみ」が運転開始。
• 2018年（平成30年）
  • 3月17日：新幹線ホームの駅員配置を廃止。
  • 3月30日：新八代駅旅行センターが営業終了。